On s’organise

Mise en situation

  • Vous venez de commencer votre stage, thèse… . . .
  • Dans quelques mois, ou dès maintenant, vous allez analyser des données! . . .
  • Analyses de données… peut vite devenir plus compliquée que nécessaire

Ce que font les étudiants en général…

  • faire un dossier “stage” sur le bureau et tout mettre dedans…
  • Tout mettre en vrac dans “mes documents”
  • D’autres exemples dans la salle?

On s’organise !

  • a priori vous allez faire plusieurs choses pendant votre stage, thèse
    • un rapport biblio
    • ecrire un rapport/une thèse
    • analyses pour le premier chapitre
    • analyses pour le second…

Etape 1: On crée un dossier pour chaque étapes/analyses

mkdir ~/sandbox/monstage

(“~” ça veut dire “/home/bbrachi/”)

Sur windows, créer un dossier dans “Documents” par exemple, ou dans votre dossier utilisateur. (remplacer “/sandbox/” par le dossier que vous souhaitez utiliser) . . .

Dans ce dossier vous allez organiser votre travail par projet ou sous-projet.

Votre premier projet, c’est cette mini formation.

mkdir ~/sandbox/monstage/initiation_git
mkdir ~/sandbox/monstage/analyse_chapitre1
mkdir ~/sandbox/monstage/rapport

Etape 2: On organise son espace de travail pour le projet

cd ~/sandbox/monstage/initiation_git/
mkdir data
mkdir results
mkdir figures
mkdir scripts

On a créé une arborescence

(dans les noms de dossier/fichier: EVITER LES ESPACES, ACCENT ET CARACTER SPECIAUX)

Etape 3: On utilise Rmd, quarto ou autre pour documenter son travail

Etape 3: On utilise Rmd, quarto ou autre pour documenter son travail

Rmd, md, qmd sont des formats “texte” qui permettent de combiner analyses et textes, et donc de:

  • poser les questions
  • documenter ses analyses pour répondre à ces questions
  • tirer les conclusions
  • motiver l’analyses suivantes
  • orchestrer des scripts successifs

Une petite intro à Markdown

Markdown est partout et c’est bien pour :

  • sites internet simples
  • Documents
  • Notes
  • Book
  • Presentation
  • utile dans les outils de communications (mail, slack, mattermost, Discord)
  • Documentation (de code ou autre)

Une variante de Markdown: Rmarkdown

  • Variante dediée à l’utilisation de R
  • permet de documenter et lancer du code
  • interface de choix avec R, dans Rstudio
  • avec des pluggins dans VS-CODE


Quelques syntaxes Rmd de bases

Vous retrouverez la “cheat sheet” markdown ici: https://www.markdownguide.org/cheat-sheet/#downloads

### Heading

# H1
## H2
### H3

### Bold

**bold text**

### Italic

*italicized text*

### Blockquote

> blockquote
### Ordered List

1. First item
2. Second item
3. Third item

### Unordered List

- First item
- Second item
- Third item

### Code

`code`

### Horizontal Rule

---

Quelques syntaxes Rmd de bases

### Link

[Markdown Guide](https://www.markdownguide.org)

### Image

![alt text](https://www.markdownguide.org/assets/images/tux.png)

### Table

| Syntax | Description |
| ----------- | ----------- |
| Header | Title |
| Paragraph | Text |
### Footnote

Here's a sentence with a footnote. [^1]

[^1]: This is the footnote.

### Definition

term
: definition

Quelques syntaxes Rmd de bases

### Strikethrough

~~The world is flat.~~

### Task List

- [x] Write the press release
- [ ] Update the website
- [ ] Contact the media
### Emoji

That is so funny! :joy:

(See also [Copying and Pasting Emoji](https://www.markdownguide.org/extended-syntax/#copying-and-pasting-emoji))

### Highlight

I need to highlight these ==very important words==.

### Subscript

H~2~O

### Superscript

X^2^